Религия Бон в течение своей длинной истории подверглась двум преследованиям в Тибете. Первое происходило во времена правления царя Дригума Цэнпо (Gri-gum btsan-po ) в VII веке до н.э. Всё, кроме «Бон Причины» (rgyu'i bon: первые четыре из Девяти Путей), было упразднено, а большинство его практиков – изгнано. Они, однако, смогли скрыть многие тексты как тэрма (gTer-ma, «сокровище»), которые были вновь открыты позднее тэртонами (gTer-ston, «открыватель сокровищ»).
С возрастающим интересом к Буддизму, его учреждением в качестве государственной религии и основанием монастыря Самье (bSam-yas) в 779-ом году н.э., Бон был вообще запрещён, и была предпринята следующая серьёзная попытка его уничтожить. Это было вторым гонением на Бон – царём Трисонг Дэцэном (Khri-srong IDe-btsan). Однако, приверженцы Бон среди знатных, и в особенности среди простых людей, следовавшие бонским верованиям на протяжении нескольких поколений, сохранили свои религиозные воззрения, и Бон выжил. В этот период снова многие священнослужители Бон были изгнаны или вынуждены были бежать из Центрального Тибета, прежде сокрыв свои священные писания, опасаясь их уничтожения, и дабы сохранить их для грядущих поколений.
Один из передовых бонпо той поры –Дрэнпа Намкха(Dran-pa Nam-mkha) – играл важную роль во время второго преследования Бон. Он возглавлял сторону бонпо в состязании с буддистами, организованном царём, дабы выяснить, какая сторона обладала наибольшей сверхъестественной силой.
С 8-го по 11-е столетия практика Бон проходила главным образом подпольно. 1017 год н.э. отмечает возрождение Бон, которое началось с открытияШенчен Лугой(gShen-chen kLu-dga', 996-1035) многих важных сокрытых текстов. С его открытиями Бон возник заново – как полностью систематизированная религия. Шенчен Луга родился в роду Шен, нисходящем отКонгцы Вангдэна(Kong-tsha dBang-ldan) одного из сыновей Тонпы Шенраба. Потомки этого важного семейства всё ещё живут в Тибете.
Шенчен Лугаимел многочисленных последователей.Троим из своих учеников он поручил задачу продолжения трёх различных традиций.
Первому –Дручен Намкха Юнгдрунгу(Bru-chen Nam-mkha' g.Yung-drung), родившемуся в роду Дру, который иммигрировал в Тибет из Друша ('Bru-zha, то есть Гилгита), он поручил учения космологии и метафизики (mDzod-phug и Gab-pa). Это привело к тому, что один из его учеников и родственников лама Друдже Юнгдрунг (Bru-rje g.Yung-drung bla-ma) – основал монастырь Еру Вэнсакха (gYas-ru dBen-sa-kha) в области Цанг в 1072 году.
Этот монастырь оставался крупным образовательным центром до 1386-го, когда он был серьёзнейшим образом повреждён наводнением. Несмотря на упадок Еру Вэнсакха семья Дру продолжала поддерживать религию Бон, но семейство угасло в XIX веке, когда, во второй раз, в нём было найдено перевоплощение Пэнчен-Ламы.
Второму ученику –Шуе Лэгпо(Zhu-yas Legs-po) – было поручено держать учения и практики Дзогчен. Он основал монастырь Кьикхар Ришинг (sKyid-mkhar Ri-zhing). Потомки семейства Шу сейчас живут в Индии.
Третий ученик–Патон Пэлчог(sPa-ston dPal-mchog) – принял обязательство держать тантрические учения. Семейство Па тоже всё ещё существует.